Cloudflareは、お使いのサーバの設定を変更することなく導入できます。
Cloudflareでアカウントを取得したあと、DNSの設定を変更することでサイトへのリクエストはCloudflare経由になります。
Cloudflareのセットアップは2種類あります。
①フルセットアップ=DNSをCloudflareへ切り替えて導入する

②パーシャルセットアップ=既存のDNSにCNAMEレコード追加しCloudflareを設定する

主な違いは、DNSをCloudflareに切り替えるか、DNSは既存のものを使用するかいずれの違いです。
「フルセットアップ」と「パーシャルセットアップ」の違いは以下のとおりです。
フルセットアップ
・CloudFlareのDNSサーバーが世界最速であるため、DNSの応答が高速化します。
・DNSレベルのDDos攻撃にもCloudflareのセキュリティが効果を発揮します。
例えば、DNSサーバーに対し、送信元を偽装したDNS名前解決要求を大量に送信することで、詐称された宛先IPアドレスに対して大量のレスポンスを送り付けるDNS 増幅攻撃など。
パーシャルセットアップ
・CloudflareにはないDNSの機能を使い続けられる
・一部のドメインのみに適用させて導入できる
どちらのほうが良いか、というとDNSごとCloudflareへ切り替えとなるフルセットアップのほうが、Cloudflareから得られる効果が大きいです。