ネイキッドドメインとは、www などのホスト名がつかない状態のドメインを指します。
例えば、domore.co.jpです。ただし、cf.domore.co.jpのような場合はネイキッドドメインではありません。
パーシャルセットアップでネイキッドドメインに導入できるかどうかはDNSの仕様によります。
現在使用しているDNSがCNAME Flattening（この機能の名前はベンダーによって異なります）と呼ばれる機能をサポートしていれば可能です。
（公式ドキュメントの言及部分は https://developers.cloudflare.com/dns/zone-setups/partial-setup/#cname-flattening ）
なおDNSがAWS Route53なのであれば不可能です。